Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan merupakan salah satu representasi dari pendidikan islam dan sistem pendidikan nasional, karena pada hakekatnya Madrasah Tsanawiyah yang kemudian disingkat MTs adalah satuan pendidikan formal yang menyelenggarakan pendidikan umum dengan kekhasan agama Islam sebagai lanjutan dari madrasah dasar/Madrasah ibtidaiyah , pada hakekatnya merupakan usaha sadar untuk membentuk manusia seutuhnya baik sebagai makhluk individu maupun makhluk sosial agar dapat mewujudkan cita-cita bangsa yang beradap dan berakhlak mulia.
Setidaknya ada dua dimensi pendidikan termasuk Madrasah sebagai sebuah sistem pendidikan yakni dimensi entitas dan dimensi metode . Dari dua dimensi tersebut banyak faktor yang mempengaruhi sistem pendidikan, yakni faktor internal maupun eksternal. Faktor eksternal yang mempengaruhi sistem pendidikan termasuk Madrasah secara makro antara lain ideologi, ekonomi, politik, sosial budaya, lingkungan alam. Dimana semua faktor itu saling mempengaruhi antara satu dengan yang lain dalam sebuah sistem pendidikan termasuk interaksi dengan lingkungan sosial maupun lingkungan alam dalam sebuah ekosistem yang lebih luas, termasuk bagaimana pendidikan Islam itu menjadi dinamis dan digemari serta diminati oleh peserta didik dengan menjadikan Madrasah adiwiyata yang peduli dengan lingkungan dan melestarikannya, bebas polusi, sehat, bersih dan rindang.
Krisis moral dan ekologi yang terjadi saat ini, yakni krisis hubungan antara manusia dan kebudayaan dengan lingkungan hidup tempat mereka berlindung, bermukim dan mengeksploitasi sumber daya alam . Kondisi inilah yang senantiasa menjadi tantangan Madrasah sebagai basis pendidikan Islam di Indonesia untuk menyiapkan dan menghasilkan manusia atau warga Negara yang peduli terhadap kerusakan lingkungan atau pencemaran lingkungan, dengan harapan akan terjadi keseimbangan yang harmonis antara lingkungan dengan manusia yang hidup dan belajar didalamnya.
Konsep Madrasah adiwiyata dan Madrasah peduli lingkungan yang saat ini sedang di galakkan di Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan, sedikit menjadi jawaban terhadap krisis ekologi yang terjadi saat ini, konsep ini sebagai pengejawantahan dari al-aqlu as-salim fi al-jismi as-salim (akal yang sehat ada dalam tubuh yang sehat) dimana ungkapan ini sedikit memberikan gambaran, bahwa kesehatan fisik akan berpengaruh terhadap kesehatan akal (prestasi peserta didik), disamping itu ungkapan “that a moral behavior, ia an attitude that should always do by students” (tingkah laku yang bermoral, merupakan sikap yang akan selalu dilakukan oleh murid), sehingga menjadikan lingkungan Madrasah yang sehat, bebas polusi, kecukupan dalam ketersediaan oksigen bagi anak-anak merupakan keniscayaan yang harus dipenuhi agar belajar di Madrasah menjadi bergairah, menarik dan menyenangkan, yang pada akhirnya akan menghasilkan outcome pendidikan yang berprestasi secara moral, akademik dan non akademik.
Salah satu implementasi dari konsep Madrasah adiwiyata dan peduli lingkungan adalah Pembiasaan hidup sehat, berprilaku peduli terhadap lingkungan dan perawatannya, sehingga akan tercipta Madrasah sebagai tempat belajar yang asri, sejuk, indah dan menyenangkan baik di dalam maupun di luar kelas, dan bahkan alam, lingkungan serta sampahpun akan menjadi sumber belajar yang menyenangkan bagi peserta didik.
Konsep menyenangkan “enjoy full learning” itulah yang menjadi target Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan, sehingga peserta didik yang hadir ke Madrasah tidak hanya ingin belajar tapi juga ada nuansa rekreasi atau green tourism yakni wisata peduli dan menghormati lingkungan, aksi konservasi, produk dan budaya lokal, dan produk daur ulang, sebagai hasil dari pembelajaran didalam dan diluar kelas.
Berangkat dari ketiga konsep yakni edukasi, ekologi dan tourism itulah Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan, menjadi Madrasah yang diperhitungkan dan menjadi pilihan utama bukan hanya masyarakat Madura, tapi Indonesia karena kemudian segudang prestasi baik prestasi peserta didik, tenaga pendidik maupun prestasi Madrasah sebagai lembaga, baik akademik maupun non akademik dapat tunjukkan dengan baik kepada stakeholder dan user.
Konsep inilah yang mengarahkan pada pemahaman dan pembahasan tentang transformasi Madrasah kearah “edukotourism” (Edukasi, Ekologi, Tourism) sebagai inovasi dan pengembangan Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan, khususnya dalam aspek tujuan pendidikan dan implikasinya dalam proses pembelajaran serta outcome yang dihasilkannya.