Tak terbilang sudah berapa banyak prestasi yang telah didulang oleh lembaga yang terletak di pinggiran Kabupaten Pamekasan ini. Lembaga yang kesehariannya identik dengan masyarakat desa yang bersahaja, sederhana dan sedikit lebih tertinggal di bidang IT jika dibandingkan dengan masyarakat kota, ternyata selama ini telah teradar oleh lembaga independen yang concern di bidang pendidikan dan peningkatan kualitas SDM di Indonesia.
ISLAMIC AWARD FOUNDATION bersama STAR MEDIA AWARD MANAGEMENT telah menganugerahi penghargaan kepada MTsN 3 PAMEKASAN sebagai “BEST OF INDONESIA ISLAMIC SHOOL 2021”. Penghargaan ini merupakan acara spektakuler yang dilaksanakan setiap tahun sebagai bentuk apresiasi kepada yang terbaik di bidang pendidikan dan peningkatan kualitas Sumber Daya Manusia. MTsN 3 Pamekasan dinilai sebagai lembaga yang Kreatif, Inovatif, Berprestasi dan Berjasa besar dalam upaya memberikan cakrawala dan pencerahan kepada masyarakat sehingga membangkitkan semangat para masyarakat untuk berperan serta dalam kesuksesan Pembangunan Nasional.
Penghargaan ini hanya berselang beberapa pekan saja dari penganugerahan MTsN 3 Pamekasan sebagai MTs Unggulan di bidang Akademik tahun 2021 oleh Dirjen Pendis Kementerian Agama Republik Indonesia. Tentunya berbagai penghargaan yang diperoleh tidak sertamerta membuat MTsN 3 Pamekasan menjadi jumawa, melainkan menjadikan hal ini sebagai pelecut dan penyemangat bagaiaman kedepannya minimal madrasah ini mampu mempertahankannya.
Daya dukung, komitmen dan reward yang konsisten diterapkan akan membuat apa yang telah diraih lembaga ini akan menjadi lebih baik lagi kedepan. Menjadi barometer serta rujukan pengelolaan dan penyelenggarakan lembaga pendidikan yang bermutu, terutama di Pulau Madura akan melekat di lembaga kebanggan masyarakat Pakong ini. meski terletak di tempat yang agak jauh dari suasana perkotaan serta ketersediaan fasilitas yang memadai, namun lembaga ini membuktikan bahwa tekad, semangat, etos kerja, komitmen serta keikhlasan dapat mendatangkan kebaikan dan prestasi melampaui apa yang diraih oleh lembaga pendidikan di daerah perkotaan.
Keberhasilan dan prestasi ini adalah buah kerja dari seluruh komponen di MTsN 3 Pamekasan, yang telah kompak bekerja sama serta berkomitmen mengabdikan diri di dunia pendidikan dan mencetak serta menyiapkan generasi penerus bangsa yang berkualitas secara spiritual, intelektual dan sosial.