Lokasi MTs Negeri 3 Pamekasan berada tepat di tengah Kecamatan Pakong, maka berikut adalah penjelasan letak geografisnya. Kecamatan Pakong adalah salah satu Kecamatan dari tiga belas Kecamatan di Kabupaten Pamekasan. Kecamatan Pakong, dengan luas 30,71 Km² terletak di wilayah kerja Pembantu Bupati Pegantenan. Desa Lebbek merupakan daerah terluas yaitu 5,36 Km² atau seluas 17,45% dari luas Kecamatan Pakong, sedangkan Desa Banban dengan 0,59 Km² atau sekitar 1,92% dari luas Kecamatan Pakong merupakan daerah terkecil, Kecamatan Pakong di sebelah utara berbatasan dengan Kecamatan Waru, sebelah selatan berbatasan dengan Kecamatan Kadur, dan sebelah barat berbatasan dengan Kecamatan Pegantenan. Sedangkan sebelah Timur dibatasi oleh Kabupaten Sumenep.
Jarak pemerintahan Kecamatan Pakong dengan pusat kedudukan wilayah kerja Pembantu Bupati sekitar 10 Km, sedang jarak dengan Ibukota kabupaten Pamekasan sekitar 22 Km, sedang jarak dengan pusat kedudukan wilayah kerja Pembantu Gubernur sekitar 22 Km, sedang jarak dengan Ibu kota Propinsi sekitar 145 Km.
Ketinggian tertinggi di Kecamatan Pakong terletak sekitar 250 meter dari permukaan laut dan terendah 185 meter dari permukaan laut. Suhu udara di Kecamatan Pakong berkisar antara 20 -24º Celcius dengan kelembaban udara rata-rata 65%.
Selanjutnya bila kita melihat curah hujan (CH) dan Hari Hujan (HH) yang tercatat sepanjang tahun 2008 hanyalah 1337,5 mm dalam 63 hari. Sedangkan rata-rata curah hujan dan hari hujan perbulan masing-masing hanya mencapai 44,6 mm selama 2 hari. Oleh karenanya, wilayah Kecamatan Pakong ini tergolong daerah yang dingin dan cocok sekali untuk tanaman tembakau yang menjadi tanaman pokok bagi masyarakat Madura pada umumnya, bahkan menjadi tulang punggung kegiatan ekonomi masyarakat Madura pada umumnya.