Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan ini tidak serta merta menjadi sebuah institusi atau lembaga besar yang memiliki kualitas mapan dan meraih prestasi maksimal seperti sekarang ini. Akan tetapi ia adalah sebuah lembaga pendidikan Islam yang memiliki sejarah panjang hingga akhirnya menjadi sebuah lembaga bonafide.
Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan, pertama-tama berangkat dari sebuah Pondok Pesantren Sumber Bungur yang terletak di Kampung sumber taman Desa Pakong, Kecamatan Pakong, Kabupaten Pamekasan. Kendatipun demikian, Pondok Pesantren Sumber Bungur bukanlah satu-satunya Pondok Pesantren yang berada di wilayah Kecamatan Pakong.
Pondok Pesantren Sumber Bungur berdiri pada tahun 1921 yang dirintis oleh K.H. Muhammad Khalil (wafat 1950). Beliau masih memiliki hubungan famili dengan Pesantren Sumberanyar dan Banyuanyar. Sepeninggal Kiai Khalil, kepemimpinan pesantren dilanjutkan oleh saudaranya yang bernama K.H. Abd Majid yang wafat pada tahun 1957. Kemudian pengasuh pesantren dilanjutkan oleh dua orang putranya, yaitu K.H. Achmad Madani dan K.H. Ali Makki (Almarhum). Keduanya pernah mengenyam pendidikan keagamaan di Pondok Pesantren Banyuanyar dan di Buduran Sidoarjo.
Pondok Pesantren Sumber Bungur memiliki kurang lebih 500 santri mukim yang terdiri dari santri putra dan santri putri. Adapun lembaga pendidikan formal yang mula-mula dikelola pada Pondok Pesantren ini adalah Taman Pendidikan Al-Qur’an (1989), Madrasah Ibtidaiyah (1936), Madrasah Tsanawiyah (1960), Madrasah Aliyah (1987).
Terkait dengan lembaga formal yang dikelola pada Pondok Pesantren Sumber Bungur ini, awal mula berdirinya Madrasah Tsanawiyah bernama Madrasah Mu’allimin dan pada tahun 1968 berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah. Kemudian pada tahun 1972 sampai sekarang, lembaga pendidikan ini berubah status menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri yang secara otomatis pengelolaannya berada di bawah naungan Pemerintah (dulu Departemen Agama, sekarang Kementerian Agama).Pada tahun 1990 melalui piagam yang ditanda tangangi oleh Menteri Agama, dan serah terimanya di Yogyakarta lembaga pendidikan ini menjadi Madrasah MODEL.
Dalam perkembangannya, MTs Negeri 3 Pamekasan berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor : 673 Tahun 2016 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Timur, maka MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan berubah nama menjadi MTs Negeri 3 Pamekasan. Selain itu MTs Negeri 3 Pamekasan banyak mengalami kemajuan dan peningkatan, baik dari bertambahnya Peserta didik, lengkapnya fasilitas, maupun tambahan staf pengajar yang profesional di bidangnya. Bahkan terdapat beberapa Peserta didik dari luar Pamekasan bahkan dari luar Madura yang memang sengaja datang (ke MTs Negeri 3 Pamekasan) untuk menimba ilmu. Di antara Peserta didik-Peserta didik tersebut ada yang berasal dari Bali, Bandung, Sidoarjo, Surabaya, Kalimantan,Sulawesi dan beberapa kota lainnya dari luar pulau Madura.
Walaupun letaknya jauh dari Kota Pamekasan, yaitu ± 24 Km, akan tetapi eksistensi MTs Negeri 3 Pamekasan yang memang salah satu lembaga pendidikan Islam terpilih sebagai madrasah percontohan, tetap tidak terpengaruhi oleh letak geografis yang dapat dikatakan jauh dari perkotaan. Sebagai salah satu bukti konkritnya adalah bahwa prestasi yang telah dihasilkan dan kemampuannya berkompetisi dalam keilmuan yang bersifat umum dan agama dengan sekolah dan madrasah lain, terutama sekolah dan madrasah favorit di Kota Pamekasan.