1- Periode Pertama (1975-1989) Drs. H. Moh Ghozali
Mulai merintis lokasi pembelajaran keluar dari lokasi semula yakni Pondok Pesantren Sumber Bungur, dimana sebelumnya masih meminjam gedung milik MI Bustanul Mubtadiin Sumber Bungur, dengan didukung oleh pengasuh Ponpes Sumber Bungur (KH. Achmad Madani), dan proses tanah wakaf yang kemudian dibangun gedung baru MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan (sekarang MTs Negeri 3 Pamekasan).
Sedang input Peserta didik berasal dari Pondok Pesantren Sumber Bungur dan masyarakat pedesaan yang mempunyai penghasilan ekonomi menengah kebawah.
Prestasi yang diraih pada era kepemimpinan Kepala MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan adalah dibidang gerakan pramuka yang sampai mencapai tingkat nasional
2- Periode kedua (1989-1996) Drs. H Ahmad
Pada periode kepemimpinan ini, MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan mulai berbenah dan menambah beberapa fasilitas penunjang pendidikan, seperti dibangunnya gedung perpustakaan, ruang keterampilan dan laboratorium IPA serta 9 (sembilan) ruang baru. Sebagian besar Peserta didik yang menempuh pendidikan di MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan berasal dari masyarakat luar pesantren, sehingga dapat meningkatkan kwantitas Peserta didik dan kwalitas pembelajaran, dan dapat menyeleksi peserta didik sesuai prosedur.
Prestasi yang diraih pada masa kepemimpinan ini adalah ditunjuknya MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan sebagai madrasah MODEL dari 54 madrasah se Indonesia dan 5 Madrasah di Jawa Timur, sehingga peningkatan demi peningkatan baik dari sisi kwalitas dan kwantitas Peserta didik dapat berjalan sesuai RENSTRA yang dikembangkan pada kepemimipinan ini.
3- Periode ketiga (1996-2001) Drs. H. Achmad Hadhori
Pada era ketiga merupakan masa penuh tantangan, karena pada masa ini MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan telah menyandang status sebagai madrasah MODEL. Berbagai inovasi dilakukan oleh kepemimpinan dimasa periode ketiga ini, seperti perluasan dua bidang lahan, menambah enam Ruang Kelas Baru(RKB), pembangunan lab. Bahasa. Dari segi prestasi periode ini mampu membawa Marching band Al faroby meraih prestasi yang sangat membanggakan. Selain itu prestasi bidang non akademik lainnya juga diraih oleh Peserta didik-siswi MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan pada masa ini.
4. Periode keempat (2001-2003) Drs. H. Moh. Bachri
Periode keempat ini adalah sebuah periode tersingkat dalam sejarah
kepemimpinan MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan dengan durasi sekitar duatahun. Terdapat beberapa hal yang dicapai pada masa ini antara lain; Penambahan tiga RKB, dan prestasi bidang non akademik yang diraih oleh Peserta didik-siswi MTs Negeri Sumber Bungur Pamekasan
5. Periode kelima (2003-2008) Drs. Ach Sihabudin Muchtar
Tonggak inovasi Kurikulum dan pembelajaran sangat terasa dimasakepemimpinan pemimpin berkharismatik ini. Berbagai strategi pengembangankurikulum dan pembelajaran diterapkan untuk meningkatkan kompetensi guru gunameningkatkan prestasi Peserta didik. Hasilnya, berbagai prestasi Peserta didikdibidang akademik dan non akademik diraih oleh Peserta didik-siswi MTs NegeriSumber Bungur Pamekasan.
Pada bidang saranaterdapat beberapa capain diantaranya; penambahan dua RKB, Penambahan lab.Bahasa 2, pengadaan 15 unit komputer. Selain itu, pada periode ini telahdibuka tiga kelas program (akselerasi,unggulan, reguler)
6. Periode keenam (2008-2013) Drs. H.M Ali Husnan, M. Pd.I
Pada periode kepemimpinan ini adalah masa bersejarah bagi MTs Negeri Sumber
Bungur Pamekasan, karena pada periode ini MTs Negeri Sumber Bungur
Pamekasan mampu menorehkan prestasi
akademik internasional. Beberapa orang Peserta didik-siswi MTs Negeri Sumber
Bungur Pamekasan mampu membawa berbagai medali dari berbagai olimpiade internasional yang dilaksanakan di Singapura, China, India, Canada, dan Australia.
Selain itu, pada pemenuhan sarana prasarana pada era ini telah melakukan
penambahan dua RKB, rehabilitasi delapan ruang kelas, pembangunan Musholla,
7. Periode ketujuh(2013-sekarang) H. Mohammad Holis, S. Ag,M.Si
Sejarah baru dalam dunia pendidikan MTs Negeri 3 Pamekasan. Karena dari
sekian periode kepemimpinan MTs Negeri 3 Pamekasan, periode ini adalah kepala madrasah termuda
yang dimiliki MTs Negeri 3 Pamekasan. Pada masa kepemipinan ini terdapat
beberapa pretasi yang telah dicapai diantaranya dibidang inovasi kurikulum,
pembelajaran dan layanan inovatif dengan pencanagan layanan PDCI (Peserta Didik
Cerdas Istimewa), pencanangan Penguatan Kwalitas SDM pendidik dan peserta
didik, Pencanangan kampung pendidikan Sumber Bungur, Pencanangan kartu Three
fungsi (Kartu Pelajar, Kartu Perpus, dan ATM)
Dari aspek sarana dan prasana pada periode ini telah
melakukan penambahan dua RKB, rehabilitasi 9 ruang kelas, rehabilitasi ruang
guru, penambahan 10 unit komputer dan 2 unit LCD TV, Pembangunan perpustakaan
modern, Pengklasifikasian ruang laboratorium (IPA, Bahasa/Multimedia, Komputer,
Matematika)
Sebagai sebuah madrasah yang peduli terhadap lingkungan,
maka pada masa ini telah dibangun taman bunga diberbagai lokasi strategis di
lingkungan madrasah untuk rencana strategis jangka menengah sebagai madrasah
adiwiyata. Selain pembangunan fisik dalam bentuk taman bunga, sebagai daya
dukung madrasah adiwiyata maka telah disusun pula kurikulum madrasah yang berbudaya
adiwiyata.
Beberapa orang Peserta didik MTs Negeri 3 Pamekasan saat ini mampu membawa berbagai medali dari olimpiade internasional yang digelar di Singapura, Thailand dan Australia.Yang tidak kalah penting pada masa ini telah mampu mensertifikasi seluruh aset tanah MTs Negeri 3 Pamekasan. Sebagai Juara Umum Madrasah dalam Ajang Kompetensi Seni dan Olahraga 2015 tingkat Provinsi Jawa Timur. Sebagai Juara 1 dalam Kompetisi Kepala Madrasah Tsanawiyah Berprestasi Tingkat Kabupaten tahun 2016 Sebagai Juara 2 dalam Kompetisi Kepala Madrasah Tsanawiyah Berprestasi Tingkat Jawa Timur tahun 2016 Sebagai Juara 1 dalam Kompetisi Kepala Madrasah Tsanawiyah Berprestasi Tingkat Kabupaten tahun 2017
Sebagai Juara 1 dalam Kompetisi Kepala Madrasah Tsanawiyah Berprestasi Tingkat Jawa Timur tahun 2017, Sebagai Juara 1 dalam Kompetisi Kepala Madrasah Tsanawiyah Berprestasi Tingkat Nasional tahun 2017