Semenjak kepemimpinan Agus Budi Hariyanto, MTsN 3 Pamekasan menghadirkan program-program yang lebih progressive. Salah satu diantaranya yaitu Kurikulum Integrasi Pesantren yang memadukan Kurikulum konvensional dari pemerintah dengan kurikulum yang menjadi pakem di lingkungan pesantren, khususnya Pesantren Sumber Bungur Pakong sebagai Rumah besar lembaga-lembaga pendidikan yang bernaung di bawahnya. Meski status MTsN 3 Pamekasan sudah negeri, namun cikal bakal lembaga ini melekat pada pesantren yang sudah berusia puluhan tahun ini.
Program Tahzinul Qur’an menjadi agenda rutin MTsN 3 Pamekasan untuk menguatkan karakter dan spiritualitas peserta didik. Kegiatan yang dilaksanakan selama tiga hari, mulai 11-13 Mei 2025 melibatkan seluruh peserta didik yang mengikuti program Tahfidz maupun yang mengikuti pembelajaran keagamaan secara intensif.
Program ini tidak hanya fokus pada peningkatan kualitas bacaan Al-Qur’an dari aspek tajwid dan fashahah, namun juga menjadi bagian dari implementasi Kurikulum Integrasi Pesantren yang merupakan program khas dari MTsN 3 Pamekasan. Pengintegrasian nilai-nilai pesantren dalam sistem pembelajaran madrasah mampu memperkuat budaya religius dan menumbuhkan kecintaan peserta didik terhadap Al-Qur’an.
Selama pelaksanaan program ini, peserta didik dibimbing langsung oleh ustadz dan ustadzah yang kompeten di bidang tahsin dan tahfidz dalam suasana yang mendukung dan kondusif. Selain pembinaan bacaan, kegiatan ini juga diselingi dengan motivasi Qur’ani dan penguatan adab, sehingg a peserta didik tidak hanya baik dan fasih dalam bacaan Al-Qur’annya, namun juga terbangun karakter yang sesuai dengan nilai-nilai Al-Qur’an.
Melalui program Tahzinul Qur’an ini, MTsN 3 Pamekasanberkomitmen untuk terus melahirkan generasi Qur’ani yang cerdas secara intelektual, matang secara spiritual dan kuat dalam karakter