Sejak hari Senin, 05 Mei 2025 agenda Daftar Ulang bagi calon peserta didik yang merampungkan sekaligus dinyatakan lulus tes melaksanakan daftar ulang di sekretariat panitia PPDB. Dalam waktu sepekan ini, seluruh calon peserta didik yang sudah mengikuti tes akademik dan wawancara serta sudah dinyatakan lulus wajib untuk melakukan daftar ulang ke MTsN 3 Pamekasan dengan didampingi walinya masing-masing.
Lebih dari 40% calon peserta didik telah dinyatakan melakukan daftar ulang. Untuk tahun ini, calon peserta didik yang mendaftarkan diri lebih dari 200 anak. Dari jumlah tersebut, Kemudian diseleksi secara administratif dan mengikuti tes akademik, dimana kemudian muncul angka 197 peserta didik yang dinyatakan lulus dan berhak melakukan daftar ulang dari hari Senin 5 Mei 2025 hingga Sabtu 10 Mei 2025. Adapun jam layanan untuk daftar ulang yakni dari jam 08.00 sampai jam 11.00 di sekretariat PPDB.
Dari hasil interview dengan ketua PPDB MTsN 3 Pamekasan tahun 2025, Mohammad Tabri di sela-sela kesibukannya, diperoleh informasi bahwa capaian jumlah calon peserta didik pada tahap satu ini sangat signifikan. Hal ini menunjukkan bahwa MTsN 3 Pamekasan, meski terletak di daerah yang berjarak kurang lebih 25 menit dari kota Pamekasan, namun kepercayaan dan animo masyarakat tidak surut. Hasil ini menunjukkan solidnya civitas MTsN 3 Pamekasan berdampak dalam lehidupan sosial dan ekonomi masyarakat. Selesai melakukan daftar ulang di sekretariat, para calon peserta didik yang didampingi oleh para wali santrinya diarahkan menuju Koperasi Siswa (KOPSIS) untuk mendapatka informasi perihal pakaian dan attributnya yang akan dipakai nantinya. Ditegaskan pula oleh beliau bahwasanya jika diantara calon peserta didik yang melakukan daftar ulang merupakan finalis dari lomba AKASS pada beberapa waktu yang lalu, maka ada keringanan kewajiban yang akan diperoleh. Beliau juga memprediksi bahwa pada hari Jum’at dan Sabtu akan ada lonjakan peserta yang hendak daftar ulang. Bagi calon peserta didik yang tidak tercover di gelombang satu, masih bisa mendaftar ikut di gelombang ke dua.