Dapat dipahami bahwa madrasah memiliki peran yang sangat besar dalam mengembangkan institusi untuk memberdayakan berbagai macam potensi-potensi yang dimiliki, baik potensi ilahiyah (ketuhanan), insaniyah (kemanusiaan) maupun bi’ah (lingkungan), sehingga amanat yang terdapat dalam Undang-undang Nomor 20 Tahun 2003 betul-betul terealisasi secara utuh dan komperehensif, yang berkesesuaian dengan naskah kesepakatan bersama antara Kementrian Lingkungan Hidup dengan Kementrian Pendidikan Nasional Nomor 03//MENLH/02/2010,Nomor01/II/KB/2010.
Konsep pengembangan madrasah berbasis wisata edukasi dan ekologi atau madrasah peduli lingkungan yang saat ini sedang di galakkan di Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan, menjadi jawaban terhadap krisis ekologi yang terjadi saat ini, konsep ini sebagai perwujudan dari al-aqlu as-salim fi al-jismi as-salim (akal yang sehat ada dalam tubuh yang sehat) dimana ungkapan ini memberikan gambaran, bahwa kesehatan fisik akan sangat berpengaruh terhadap kesehatan akal, sehingga menjadikan lingkungan Madrasah yang sehat, bebas polusi, kecukupan dalam ketersediaan oksigen bagi peserta didik merupakan keniscayaan yang harus dipenuhi agar belajar di Madrasah menjadi bergairah, menarik dan menyenangkan.
Salah satu implementasi dari konsep pengembangan Madrasah berbasis wisata edukasi dan ekologi atau Madrasah peduli lingkungan di Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan, antara lain pembiasaan hidup sehat, berperilaku peduli terhadap lingkungan dan merawatnya, sehingga akan tercipta madrasah sebagai tempat belajar yang asri, sejuk, indah dan menyenangkan baik di dalam maupun di luar kelas, alam, lingkungan bahkan sampahpun akan menjadi sumber belajar yang menyenangkan bagi peserta didik.
Konsep menyenangkan “enjoy full learning” itulah yang menjadi target Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan dalam mengembangkan lembaganya, sehingga peserta didik yang hadir ke madrasah tidak hanya mau belajar tapi juga ada nuansa rekreasinya atau green tourism.yakni wisata peduli dan menghormati lingkungan, aksi konservasi, produk dan budaya lokal, dan produk daur ulang, serta kampung pendidikan yang beorientasi pada pengembangan madrasah yang dapat mengentaskan kemiskinan dan pengangguran dengan pemberdayaan masyarakatnya.
Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan, merupakan salah satu lembaga pendidikan yang dapat dijadikan sebagai madrasah percontohan, yang senantiasa melakukan inovasi dan kreasi, khususnya dalam pengembangan Madrasah berbasis wisata edukasi dan ekologi. Hal ini terlihat pada eksistensi pengembangan Madrasah melalui Pengembangan Kurikulum basis edukasi-ekologi dan tourisme (educotourism). Berdasar uraian di atas, Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Pamekasan berupaya memberikan layanan pendidikan yang efektif, efisien dan maksimal terhadap kemajemukan peserta didik agar potensi-potensinya bisa tereksplorasi dengan baik, maksimal dan cepat. Hal ini tentunya dapat terlaksana dengan adanya dukungan dari berbagai pihak, terutama manajemen, sumber daya manusia serta sarana dan prasarana yang cukup memadai, yang dapat berimplikasi pada pengembangan madrasah itu sendiri, dan bagi pemberdayaan sosial-ekonomi masyarakat Madura pada umumnya.