Salah satu upaya untuk meningkatkan mutu pendidikan pada jenjang pendidikan dasar dan menengah saat ini di Indonesia adalah melalui penyelenggaraan Sistem Kredit Semester (SKS). Langkah tersebut merupakan perwujudan dari amanat Undang-undang Nomor 20 tahun 2003 Pasal 12 ayat 1, bahwa setiap peserta didik pada setiap satuan pendidikan berhak mendapatkan pelayanan pendidikan sesuai dengan bakat, minat, dan kemampuannya serta dapat menyelesaikan program pendidikan sesuai dengan kecepatan belajar masing-masing dan tidak menyimpang dari ketentuan batas waktu yang ditetapkan.
MTsN 3 Pamekasan adalah salah satu Madrasah yang menerapkan layanan pendidikan melalui program tersebut diatas dengan menggunakan pola 6-3-3-3-3-6 serta mengacu pada model pembelajaran tuntas (mastery learning) melalui pendekatan pembelajaran berbasis Unit Kegiatan Belajar Mandiri (UKBM). Keunggulan dari program layanan SKS ini, peserta didik bisa menyelasaikan pendidikannya paling cepat dua tahun.
Pada hari Kamis yang lalu, 10 Februari 2022 pihak madrasah mengundang wali murid proyeksi enam semester dua tahun yang juga dihadiri ketua komite MTsN 3 Pamekasan bapak Akhmad Zaini tak terkecuali para waka dan juga seluruh peserta didik proyeksi dua tahun bertempat di Aula Madrasah. 
Dalam pertemuan tersebut kepala MTsN 3 Pamekasan bapak Mohammad Holis mensosialisasikan program layanan pendidikan dengan model SKS mulai dari latar belakang, tujuan hingga ruang lingkup penyelenggaraan SKS. Pak Holis (sapaan akrabnya) secara teknis memaparkan, bahwa proses pembelajaran dalam penyelenggaraan SKS ini menggunakan pendekatan Unit Kegiatan Belajar Mandiri (UKBM). Sumber belajar tersebut telah disiapkan oleh tenaga pendidik melalui telaah KI-KD dan pengembangan kurikulum. Pada semester awal seluruh peserta didik menempuh pendidikannya secara normal 6 bulan, baru 3 bulan berikunya dilakukan penjaringan dengan pola tersebut diatas. Peserta didik yang mampu menuntaskan UKBM dengan cepat, mereka berkesempatan untuk menyelesaikan studinya selama 2 tahun. Agar supaya program pendidikan ini berlajan lancar dan sukses kami mengajak seluruh tenaga pendidik khususnya untuk memberikan layanan terbaik buat anak didiknya, dorongan dari semua pihak terkait utamanya wali murid untuk memberikan motivasi bagi putra putrinya serta memberinya asupan nutrisi yang baik agar kesehatannya terjamin, pintanya.
Sementara itu bapak Akhmad Zaini, ketua komite MTsN 3 Pamekasan yang juga menjabat Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Pamekasan dalam sambutannya merasa bangga menjadi bagian dari keluarga besar MTsN 3 pamekasan dan bersyukur bisa menyekolahkan putrinya di madrasah ini. Menurutnya, keberhasilan belajar seseorang bukan ditentukan oleh waktu yang cepat akan tetapi mereka yang bisa mensinergikan kemampuan fisik, psikologis dan intelektual. Meski demikian, kami sangat mendukung dan mengapresiasi program pendidikan yang dijalankan di madrasah ini sebagai bentuk inovasi pendidikan. Ia juga memberikan motivasi terhadap wali murid proyeksi 6 semester 2 tahun agar senantiasa bersyukur dan selalu memantau perkembangan putra putrinya, supportnya.
Sebagai pemungkas acara, bapak Agus Budi Hariyanto selaku wakil kepala bidang akademik menyimpulkan bahwa program layanan peserta didik proyeksi 6 semester 2 tanun ini pada prinsipnya adalah peserta didik menentukan sendiri beban belajar dan mata pelajaran pada setiap semester sesuai dengan kemapuan, bakat, dan minatnya. Mereka yang berkemampuan dan memiliki kemauan tinggi bisa mempersingkat masa pendidikannya dari periode belajar yang ditentukan dengan tetap memperhatikan ketuntasan belajar (mastery learning).