Seleksi Kompetisi Sains Madrasah (KSM)tingkat Kabupaten Pamekasan terlaksana pada hari Sabtu 20 Juli 2019. Dari hasil seleksi tersebut, ada 2 murid MTsN 3 Pamekasan yang berpeluang besar masuk pada level provinsi, keduanya adalah ananda Fayrus Zebedi Al-Farisi dan Vinza Ameliana Putri sebagai wakil dari mata pelajaran Matematika. Ananda Fayrus dan Vinza saat ini adalah peserta didik dari kelas 8 progressive. Dalam seleksi tersebut mereka masing-masing menempati posisi pertama dan ke tiga serta mampu menyingkirkan 43 peserta lainnya.
Dalam seleksi KSM Kabupaten Pamekasan yang telah terselenggara, selain mapel Matematika, MTsN 3 Pamekasana juga mendelegasikan beberapa peserta didik unggulannya pada mata pelajaran lainnya, yaitu mapel IPA dan IPS. Untuk kedua mapel terakhir, duta MTsN 3 Pamekasann hanya mampu menempatkan diri di posisi belasan.
Menanggapi kesuksesan ini, bapak Mohammad Saleh selaku Plt. Kepala Madrasah menyampaikan rasa syukur Alhamdulillah dan ungkapan terimakasih yang sebesar-besarnya kepada semua guru pembina dan pembimbing mata pelajaran Matematika, IPA dan IPS atas segala arahan, bimbingan yang telah maksimal kepada para peserta didik yang terekrut dalam tim KSM MTsN 3 Pamekasan. Semoga apa yang telah mereka perjuangkan menjadi tambahan ladang ibadah.
Seiring rasa bangga, beliau juga berharap semoga kepada para juara dapat meneruskan prestasinya di level provinsi dan bagi yang belum meraih sukses saat ini harus tetap semangat untuk meningkatkan potensi yang telah ada.semoga di kegiatan KSM berikutnya nama MTsN 3 Pamekasan bisa lebih berjaya. Untuk itu beliau tetap menekankan pentingnya dukungan dari semua pihak. Karena tidak ada yang tidak mungkin kita raih jika dikerjakan secara collective collegial. Untuk Kemenag Kabupaten Pamekasan, diharapkan ada pembinaan juga secara intensif bagi para pejuang-pejuang madrasah inisebelum mereka berangkat mewakili nama Kabupaten Pamekasan di level provinsi. ini penting untuk menambah motivasi dan kecakapan mereka pada bidang mapel masing-masing.